간략히 설명하면, 원자 집합은 Heavy Atom의 번호 매기기 순서에 따라 해당 집합에 인접한 원자를 반복적으로 추가함으로써 얻어집니다. 중복을 방지하기 위해 각 열거형 집합에는 금지된 (forbidden) 원자와 후보 (candidate) 원자의 집합이 있습니다. 이 알고리즘은 하나의 원자만 있는 모든 집합들로 시작합니다. 이러한 단일체 (Singletons) 각각에 대해 차수가 낮은 모든 원자는 금지된 (forbidden) 원자이며, 금지되지 않은 모든 이웃 원자는 후보 (candidates) 집합을 형성합니다. 각 단계에서 하나의 후보 (candidates)가 집합에 추가됩니다. 이제 선택된 원자보다 낮은 순위의 모든 후보 (candidates)들이 금지된 (forbidden) 원자 집합에 추가됩니다. 선택된 후보 (candidate) 원자의 이웃 원자 중 금지된 (forbidden) 원자가 아니거나 원자 집합에 포함되지 않은 모든 원자는 후보 (candidates) 집합에 추가됩니다. 이러한 과정은 화합물의 모든 단일체 (Singletons)에 대해 각 성장 단계마다 후보들(candidates)의 모든 가능한 선택을 적용합니다.

그림 3은 이소부티르아미드 (isobutyramide)에 대한 CONSENS 알고리즘의 두 단계를 보여줍니다. 처음 열거된 원자 집합에는 번호가 2인 탄소 원자만 포함되어 있습니다. 그다음 숫자 3을 가진 후보 (candidate) 탄소 원자가 추가되고 후보 (candidates) 목록이 업데이트됩니다. 다음으로, 숫자 5를 가진 새로운 후보 (candidate) 탄소 원자가 집합에 추가됩니다. 차수가 더 낮은 후보 탄소 원자는 금지된 (forbidden) 원자 집합에 추가됩니다.

둘째, 통합 단계 (Unification Step)에서는 각 부분 구조에 고유한 정수 식별자를 부여합니다. 이 과정은 각 Heavy Atom에 원자 속성을 나타내는 숫자 식별자를 부여하고, CANON 절차에 따라 Heavy Atom의 고유한 순서를 도출하며, 최종적으로 깊이 우선 탐색 (DFS, Depth First Search)을 통해 원자 (Atom) 및 결합 (Bond) 식별자를 병합하여 단일 부분 구조 식별자를 생성합니다. 

셋째, 중복 식별자 제거 단계 (Duplicate Identifier Removal Step)에서는 동일한 식별자를 가진 부분 구조를 요약합니다. 이는 이진 Fingerprint 또는 각 식별자의 발생 횟수를 추적하는 카운트 버전으로 나타낼 수 있습니다.